Audyt wykorzystania środków unijnych przeprowadzany jest przed wykorzystaniem co najmniej połowy środków przyznanych na projekt. Możliwe jest przeprowadzenie audytu:

• w czasie trwania projektu (opinia audytora dotyczy wówczas kwot i informacji zawartych do momentu audytu)
• w końcowej fazie projektu  (po dokonaniu połowy zabudżetowanych wydatków badaniem wstępnym, a następnie badaniem finalnym w końcowej fazie realizacji projektu; ostateczna opinia audytora wydawana jest po badaniu końcowym, jednakże już po badaniu wstępnym sporządzone zostają zalecenia w formie Listu do Zarządu, a audytor wskazuje w nim na zidentyfikowane błędy i ryzyka).

W szczególności zakres przedmiotowy audytu obejmuje:

• kontrolę wewnętrzną i określenie poziomu ryzyka dotyczącego niewłaściwego wykorzystania środków
• przeprowadzenie testów w celu upewnienia się, iż zdefiniowane kontrole wewnętrzne były stosowane w sposób ciągły
• audyt zasadności kosztów kwalifikowanych, ich sposobu dokumentowania i ujęcia na wyodrębnionym rachunku bankowym wyszczególnionym w planie kont
• analizę terminowości uzyskiwania środków na realizację projektu oraz kompletności otrzymanych kwot
• sprawdzenie wniosków o płatność z księgami rachunkowymi w części dotyczącej projektu
• sprawdzenie wiarygodności sprawozdań z realizacji projektu
• weryfikacje sposobu monitorowania projektu (osiągania celu projektu).