Der Audit der Inanspruchnahme der Unionsmittel  wird vor der Inanspruchnahme von mindestens der Hälfte der für das gegebene Projekt gewährten Zuwendungen stattfinden. Es ist möglich, den Audit durchzuführen:

• Während das Projekt noch andauert (das Gutachten des Auditors betrifft in dem Falle Quoten und Informationen, die bis zum Moment des Audits abgeschlossen, bzw. verfügbar waren).
• In der Endphase des Projekts (wenn die Hälfte der budgetierten Ausgaben voruntersucht und anschließend in der Endphase der Projektrealisierung final untersucht wird. Das Endgutachten des Auditors wird nach erfolgter Enduntersuchung ausgestellt, allerdings werden bereits nach der Voruntersuchung Empfehlungen in Form eines Briefes an den Vorstand zusammengefasst, in dem der Auditor auf die identifizierten Fehler und Risiken hinweist).

Der Bereich des Audits beinhaltet insbesondere:

• Eine interne Kontrolle und Bestimmung des Risikoniveaus bez. einer fehlerbelasteten Inanspruchnahme der Unionsmittel.
• Durchführung von Tests, um sich zu vergewissern, dass die definierten internen Kontrollen kontinuierlich verwendet wurden.
• Audit der Rechtsmäßigkeit qualifizierter Kosten, ihrer Dokumentierung und Erfassung in einer separaten Bankrechnung, die im Kontenplan spezifiziert wird.
• Analyse der Pünktlichkeit der Zurverfügungstellung von Mitteln für die Projektrealisierung und der Vollständigkeit der erhaltenen Quoten. 
• Überprüfung der Zahlungsanträge mit den Rechnungsbüchern im Bereich des Projekts.
• Überprüfung der Glaubwürdigkeit der Berichte aus der Projektrealisierung.
• Verifizierung der Art und Weise der Projektüberwachung (das Erreichen des Projektziels).